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多倍体QTL-seq通过全基因组重测序为马铃薯和甘薯

发布时间:2021-05-21 17:23 作者:admin 来源:未知 点击: 字号:

马铃薯(Solanum tuberosum L.)和甘薯(Ipomoea batatas L.)是重要的作物,不仅是发展中国家的主食,也是全世界各种美食的主角。然而,这些作物在种植过程还有许多问题需要克服,如病害的侵害,营养物质的改良等,这就需要科学家培育出优良的品种。而对控制优良性状的QTL位点的挖掘和有效的DNA标记的开发将有助于优良品种的选择,并大大缩短育种的年限。最近,全基因组测序的成本已经大大降低,计算机的性能也不断提高。因此,用全基因组序列的大量数据进行分析是可行的。
近日,日本国家农业与食品研究所开发了一种通过全基因组重测序的方法,通过足够数量的reads数在多倍体作物中进行QTL分析,提出多倍体QTL-seq方法是快速开发紧密连锁的DNA标记的一个通用工具,并在国际著名杂志Plant Biotechnology Journal 上发表了题为 “Polyploid QTL-seq towards rapid development of tightly linked DNA markers for potato and sweetpotato breeding through whole genome resequencing“的论文。
作者通过马铃薯囊肿线虫抗性基因(H1)和甘薯中花青素含量相关基因(AN)为模型案件,分别通过构建H1与h1, high AN与low AN的F1代,建立混池,然后对亲本,F1后代进行高深度的重测序,将亲本中的h1,low AN比对各种的参考基因组,通过鉴定出来的SNP构建h1,low AN的基因组,后续将H1,high AN, F1混池比对亲本基因组,通过计算在95%的置信区间里面的SNP index,在全基因组上鉴定相关的QTL。
后续在鉴定QTL附近寻找具有多态性的SNP标记,并在F1后代中进行验证,发现这种方法是十分准确的。因此,多倍体QTL-seq是一种通用的方法,它不需要专门的操作来进行测序和构建精细的连锁图,并有利于在马铃薯和甘薯等多倍体作物中快速开发紧密联系的DNA标记。
原文链接:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/pbi.13633
 

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